Pengembangan pendidikan bidang ilmu Teknik sudah dimulai sejak awal berdirinya Universitas Mulawarman yaitu dengan adanya Fakultas Pertambangan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Ilmu Pengetahuan No. 130 Tahun 1962 tanggal 28 September yang dikukuhkan secara resmi berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI. I No. 65 tanggal 23 April 1963. Fakultas Pertambangan berkedudukan di Balikpapan, namun karena adanya kesulitan dalam koordinasi dan penyediaan sumber daya manusia maka fakultas tersebut kemudian ditutup.

Usaha pengembangan pendidikan bidang ilmu teknik kemudian dilanjutkan kembali pada tahun 90-an dengan dimasukkannya kembali ke dalam Rencana Pengembangan dan Rencana Strategis Universitas Mulawarman. Upaya tersebut membuahkan hasil dengan terbitnya SK Dirjen Dikti Depdiknas No. 147/DIKTI/Kep/1999 Tanggal 19 April 1999 untuk pembukaan Program Studi Diploma 3 (D-3) Teknik Pertambangan di Universitas Mulawarman. Setelah mendapatkan ijin program studi Diploma 3 Teknik Pertambangan maka dibentuklah Unit Pelaksana (UP) pendidikan Program Studi Diploma 3 Teknik Pertambangan berdasarkan SK Rektor UNMUL No. 145/KP/1999 tanggal 15 Juli 1999.

Pengembangan pendidikan bidang ilmu teknik/rekayasa selanjutnya adalah merintis pendidikan jalur akademik jenjang Sarjana (S1) melalui usulan kepada Dirjen Dikti Depdiknas untuk pembukaan Program Studi S1 Teknik Pertambangan, S1 Teknik Sipil, S1 dan Teknik Industri pada tahun 2003. Kemudian, pada tahun tahun yang sama terbit keputusan Dirjen DIKTI Depdiknas No. 1192/D/T/2003 Tanggal 11 Juni 2003 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Studi S1 Teknik Sipil, S1 Teknik Industri dan S1 Teknik Pertambangan. Setahun kemudian program studi Teknik Lingkungan (S1) didirikan pada 11 Juni 2004 dengan nomor 2051/D/T/2004. Sebagai langkah pengembangan organisasi, maka UP FT UNMUL kemudian ditingkatkan statusnya menjadi Fakultas Teknik berdasarkan Surat Persetujuan Dirjen Dikti Kemendiknas No. 2880/D/T/2007 dan SK Rektor No. 297/DT/207.